Hitokiri Battōsai mengambil bahagian dalam Pertempuran Toba-Fushimi dan berjalan jauh dari medan perang sebagai kuasa-kuasa Imperialis meraikan kemenangan. Selepas satu dekad, beliau, kini menggelarkan dirinya Himura Kenshin, tiba di Tokyo dan memenuhi Kamiya Kaoru, pemilik sekolah Kendo yang ditinggalkan oleh bapanya. Pelajar sahaja Kaouru adalah seorang budak bernama Myōjin Yahiko. Kenshin segera bergerak dengan mereka selepas berhenti sekumpulan samseng dalam bekerja Kanryu Takeda daripada mengambil alih tabung. Takani Megumi, yang telah melarikan diri dari Takeda selepas dipaksa untuk membuat candu, juga menyertai kumpulan. Beliau menyediakan ubat untuk mangsa keracunan yang datang kepada tabung untuk membantu selepas satu lelaki Takeda meletakkan racun tikus dalam telaga komuniti. Marah pada Takeda, Megumi cuba untuk membunuhnya, tetapi dihalang daripada berbuat demikian dan tebusan. Rumah agam Kenshin dan Sagara Sanosuke serangan Takeda, besting semua orang-orangnya. Saito Hajime kemudian membantu mereka menundukkan Takeda, yang telah bersenjata sendiri dengan senapang Gatling. Mereka menyelamatkan Megumi, tetapi mendapati bahawa salah satu lelaki Takeda, Jin-e Udo, telah diculik Kaoru. Kenshin mengejar Jin-e dan pertarungan terjadi, berakhir apabila Kenshin menghancurkan siku Jin-e dengan sarungnya beliau. Jin-e kemudian bunuh diri. Kenshin mengambil kembali Kaoru tidak sedarkan diri untuk tabung, di mana apabila bangun dari tidur, dia memberitahu Kenshin bahawa tabung kini rumahnya